Πιθανολογείται ότι ο οικισμός κτίστηκε μετά το 1666, από τους κατοίκους του παλιού οικισμού που καταστράφηκε από πανώλη. Ο παλιός οικισμός ονομαζόταν «Κακή Πέτρα», στα αρχαία χρόνια ονομαζόταν «Χαρούνια» ή «Χαρώνεια», από τις σπηλιές και τα βάραθρα που υπάρχουν στην περιοχή και θεωρούνταν ιερά του Χάρωνα ή του Πλούτωνα, που ήταν θεότητες του Άδη. Στην τοποθεσία «Πέτρα του Δράκου», κατά την παράδοση ζούσε ένας δράκος που περνούσε με σκοινί στην απέναντι χαράδρα.
Η Τοπική Κοινότητα Θαρουνίων, χαρακτηρίζεται ημιορεινή, με μέσο υψόμετρο 400 μέτρα και με αγροτικό χαρακτήρα . Σύμφωνα με την απογραφή πληθυσμού του 2001 έχει μικρή ανεργία(46η), στα πλαίσια του νέου Δήμου Κύμης- Αλιβερίου, αλλά και μεγάλο ποσοστό σε μη δυνάμενο να εργαστεί πληθυσμό.
O Γεώργιος A. Παπαβασιλείου διενήργησε αυτοψία σε δύο σπήλαια κοντά στα Θαρρούνια. Tο ένα από τα δύο είναι το σπήλαιο Σκοτεινή, το άλλο βρίσκεται βορείως αυτής. Kαι τα δύο έχουν σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Στη Σκοτεινή βρήκε πλήθος οστράκων αγγείων με «κάλλιστον μέλαν γάνωμα». Στο άλλο σπήλαιο τον εντυπωσίασε σταλακτίτης από το δάπεδο μέχρι την οροφή του θαλάμου· στα δεξιά προς τον εισερχόμενο είδε λίθους που σχημάτιζαν μικρά τετράγωνα, ίσως οικήματα ή τάφους.
Kοντά στο σπήλαιο ανασκάφηκε νεολιθικός οικισμός και νεκροταφείο. O Σάμψων αναφέρει και άλλο σπήλαιο με πιο περιορισμένη χρήση κατά τη νεολιθική περίοδο, βορείως του χωριού Θαρρούνια (και άρα και της Σκοτεινής), στη θέση Πλάτωμα. Aναφέρει «κολώνα» μέχρι την οροφή, στοιχείο που ανακαλεί τον σταλαγμίτη από το δάπεδο έως την οροφή του δεύτερου σπηλαίου που επισκέφθηκε ο Παπαβασιλείου . Επιφανειακά βρέθηκαν όστρακα ελληνιστικής περιόδου.
Θέση Πύργος : Στα βορειοανατολικά του οικισμού και αριστερά του δρόμου προς τον οικισμό Τραχήλι, πάνω σε βραχώδες ύψωμα σώζεται μισογκρεμισμένος ενετικός πύργος, που μαρτυρεί την ύπαρξη βυζαντινού και φράγκικου οικισμού.
Θέση «Κακή Πέτρα» Βόρεια και ανατολικά του σημερινού οικισμού, συνέχεια της θέσης «Πύργος», τοποθετείται ο παλιός οικισμός, που έφερε επί Τουρκοκρατίας το όνομα «Κακή Πέτρα», από τους βράχους πάνω στους οποίους είχε κτισθεί.
Ναός της Μεταμόρφωση του Σωτήρος : Είναι πολύ παλιό εκκλησάκι κτισμένο στην πλαγιά, ανατολικά από τη θέση «Πύργος». Ναός του Αγίου Νικολάου. Είναι μονόχωρο, καμαροσκέπαστο εκκλησάκι στην «Κακή Πέτρα», κρυμμένο μέσα στα βράχια.
Κακαλίτσα : Στην περιοχή Κακαλίτσα βρέθηκαν αρκετοί αρχαίοι τάφοι κεραμοσκεπείς και κιβωτιόσχημοιΘέση Πλάτωνα.Στη θέση αυτή υπάρχει σπήλαιο, στο οποίο βρέθηκαν ανθρακίτης και λιθάνθρακας, που ανάγονται στον Παλαιοζωικό αιώνα, όχι όμως σε μεγάλες εκμεταλλεύσιμες ποσότητες.
Μικρά Αμπέλια: Βρέθηκε επιτύμβια πλάκα με επιγραφή »Ενθάδε κείται γυνή στρατηγού».
Έχει ένα πολύ Δραστήριο Πολιτιστικό Σύλλογο, που αγαπάει το χωριό και προσπαθεί να κρατήσει όσο γίνεται τους κατοίκους στον τόπο τους. Κάθε χρόνο το καλοκαίρι διοργανώνει πανηγύρι. Με την προσπάθεια του συλλόγου η πλατεία του χωριού έχει διαμορφωθεί πολύ όμορφα γύρω από την πηγή και αφήνει πολύ καλές εντυπώσεις στον επισκέπτη